经历千辛万苦，郭靖（郭追 饰）和黄蓉（黄淑仪 饰）终于回到桃花岛，然岛上已是一片肃杀景象。二人发现，黄蓉母亲的墓穴被人打开，江南七怪染血其中，死状凄惨。根据现场留下的线索以及大师傅飞天蝙蝠柯镇恶的证言，郭靖认准是黄老邪杀死了几位师傅，遂不顾黄蓉劝阻，与全不知情的黄老邪刀剑相向。另一方面，西毒欧阳锋和杨康亦在岛上出现，聪慧的黄蓉在铁枪庙戳穿二人的阴谋，并揭发杨康毒害欧阳锋之侄的真相。杨康恼羞成怒，攻击黄蓉时不慎中毒身亡。穆念慈万念俱灰，将尚在襁褓的幼子托付给黄蓉后亦随杨康而去。
　　十多年后，杨康之子杨过（傅声 饰）已长大成人。黄蓉恐其步杨康后尘，拒不授其武功。负气出走的杨过偶然在铁枪庙遇见因练九阴真经走火入魔的欧阳锋，于是随西毒学会了蛤蟆神功，更无意中知晓了自己的身世……

　　相传在五代十国，江南一隅遭受霸王潮肆扰，水患不断，洪水滔天。百姓因此流离失所，苦不堪言。吴越国君钱鏐王协同当地百姓一同抗击灾难，保护家园。此情此景感天动地，一口“龙音神钟”由水路漂来，抵达七宝镇。潮水退去，七宝镇更是从此名声大振，繁荣富足，成为江南名镇，远近闻名。
　　当地百姓视神钟为宝物，搭建钟楼，将其安置于其中。因氽水而来，故取名曰“氽来钟”，代代相传。岁月流转，匆匆而过，转眼间已是四百年后。某个春日，书画大家赵孟然奉命来到七宝，寻访江南美景、搜罗奇闻轶事。赵孟然被七宝秀美的景致和充满神奇色彩的民间传说深深着迷，流连忘返。可是他却没有料到，从自己来到七宝镇的那天起，已经不知不觉地卷入了一场蓄谋已久的阴谋之中。

　　明朝末年，皇帝昏庸，曾保家卫国屡建功勋的锦衣卫被奸佞利用，沦为暗杀工具，令世人闻风丧胆。因谋权篡位而被施以刖刑的庆亲王（洪金宝 饰）虽被流放塞北多年，然野心不死，暗中勾结大太监贾精忠（罗家英 饰），企图卷土重来。贾精忠在中土掀起一场腥风血雨，不愿苟从者格杀勿论。锦衣卫指挥史青龙（甄子丹 饰）在执行任务过程中因发现贾精忠阴谋而被追杀，身受重创后委身正义镖局以图保护玉玺。茫茫大漠，青龙在镖头之女乔花（赵薇 饰）以及天鹰帮帮主大漠判官（吴尊 饰）的帮助下准备阻止庆亲王与贾精忠的阴谋，此时，庆亲王义女——拥有绝世武功的脱脱（徐子珊 饰）身负追杀青龙的使命亦赶至雁门关……

　　守护人界的彼岸花灵力耗尽，急需注入新花魂，寒林君趁机帮蜮兽攻入人界，大劫在即。江尘与青鸾寻找花魂，共历生死，逐渐相爱，却发现江尘竟就是花魂。江尘杀身成仁，令彼岸花重开。战胜邪恶后，青鸾日夜守护彼岸花。