时间来到最终决战的两年后，在本应已迎来和平的地球上，怪兽们再度倾巢而出。与此同时，世界各地相继发生了各种入侵超古代遗迹的事件。而GUTS-SELECT（精英胜利队）也迎来了新的队长——时冈（中村优一饰），众人开启了调查。一场关乎宇宙前途命运的鏖战就此拉开序幕。挺身而出的GUTS-SELECT、前来驰援的泽塔奥特曼还有身处战斗中心的特利迦奥特曼的面前出现的是……浑身散发着不祥之气的影之继承者——邪恶特利迦的身姿。为了守护大家的笑容，特利迦奥特曼、GUTS-SELECT的队员们以及夏川遥辉/泽塔奥特曼（平野宏周饰）、伊格尼斯/黑暗特利迦（细贝圭饰），将一同投身这场光与影的大决战！

1638年，因不堪饥荒和针对天主教徒的压迫，日本爆发了岛原之乱，德川幕府派遣十二万大军征讨，大败天草四郎时贞（洼冢洋介 饰）统率的岛原军，以妖术闻名的天草在临死前令幕府来将陷入狂乱。多年以后，德川家康的三子、当世将军的叔叔、有南海之龙之称的德川赖宣在打猎时遇见还魂归来的天草以及其侍女（麻生久美子 饰），天草怂恿赖宣用实力夺权，并向其展示了借用女性身体为媒介令死者复活的魔界转生之术。天草收集女性做为转生法术载体，将柳生一族拖入了此事，柳生十兵卫（佐藤浩市 饰）与天草复活的昔日同门荒木又右卫门恶战并斩断其一臂。天草将宝藏院胤舜、柳生但马守宗矩和宫本武藏等高手先后引入魔界，与柳生十兵卫展开连番搏杀……

在黑暗时代,妖术师果心居士唆使松永弹正夺取天下,一对青梅竹马的忍者恋人城太郎(真田广之 饰演)与篝火(渡边典子 饰演)成为了最无辜的牺牲品!　　为了拯救被绑架的爱人篝火,城太郎与果心居士及其部下,展开忍术与邪术的决战..........

根据同名漫画改编，讲述武道做什么事情都不顺，又住在破旧老公寓里，从电视上得知国中时期的前女友—日向，无端卷入帮派火拼而身亡。某天他在月台等车，居然跌落铁轨，正当他以为自己死定了，回神之后却发现自己回到12年前的国中时期。后来又遇上了日向的弟弟—直人，告诉他12年后发生的事实，要求他要保护姐姐，双方握手之后他又再次回到现代。

在一场车祸中，永井圭（佐藤健 饰）意外发现自己竟然是一名“亚人”。亚人，拥有着和人类一样的外貌，却有着惊人的自愈能力和不死之身，为了获得亚人神秘的力量，政府逮捕并监禁了现今已经发现的亚人们，包括永井圭，在他们身上进行残忍的活体实验，然而对外，政府却声称这一行为是在保护亚人。 　　同样身为亚人的佐藤（绫野刚 饰）救出了永井圭，希望后者能够加入自己的阵营。佐藤依靠着进行恐怖活动来威胁政府，提出建立亚人自治区的诉求。永井圭知道佐藤生性贪婪邪恶，不愿意就范，因此亦被佐藤视为敌人。身处漩涡的中心，永井圭知道，这并不单单只是佐藤和自己的战争，而是人类和亚人之间的博弈。