清朝末年，官吏贪腐，民不聊生，在浙江地方上，有一位蒙面侠士“铁猴子”，两年来劫富济贫，令卖官鬻爵的历任知府叫苦不迭。铁猴子在白天的身份是大夫杨天淳(于荣光 饰)，杨大夫妙手仁心，深得乡邻爱戴。知府为抓捕铁猴子，不惜拷打众多不相干群众，路经此地的黄麒英（甄子丹 饰）、黄飞鸿父子不慎卷入其中，知府见黄麒英身手过人，扣押飞鸿要挟其捉拿铁猴子，黄麒英与铁猴子交手后惺惺相惜。不久朝廷钦差抵浙，听闻铁猴子“作乱”之举后施展大力金刚掌将其击伤，原来这钦差的真实身份是少林叛徒衍空（任世官 饰），身为少林弟子的黄麒英联合铁猴子，誓为少林清理门户。

清朝初期，康熙皇帝尚且年少，奸臣从中控制政权，民不聊生。“天地会”是一个推翻清朝的民间组织。“天地会”首领陈近南（刘松仁饰）在一次行动中幸得韦小宝（周星驰饰）相救，小宝就此加入天地会，被派到王宫当卧底，偷取藏有清朝秘密的四十二章经。聪明机灵的小宝很快便成为了皇上的心腹，做了大官。小宝陷入了两难的状态，他既要执行任务却又跟皇帝成为了好朋友。就在小宝想要逃走之际，师父陈近南也找到了他，并派人监视他回到王宫。不久，小宝便受到了鳌拜同盟以及假太后的追杀，与天地会的人大战起来。

五年前被司马中原和冷秋魂打死的无翼蝙蝠，忽然重出江湖，奸淫少女，抢走镇远镖局雷迅的女儿电凤，更嫁祸萧七。萧七与雷迅追查真相，得知无翼蝙蝠当年激战未死，但是脑部重创至疯癫失常，没有可能淫杀少女。唯一线索就是他留下两把蝙蝠刀，传说刀内藏有蝙蝠宝图，萧七将计就计，借刀引出幕后真凶。

楚留香（狄龙）与一点红（凌云）自从在神水宫杀死了无花和尚后，又回到中原。结识了李玉函（岳华）与柳无眉（井莉）夫妇。在此前后，楚曾遇到连串莫名其妙的事情，后来，楚才知柳身患宿疾，她需要以楚的人头到蝙蝠岛去换取一种药物治病，是以欲置楚于死地，楚亲往蝙蝠岛了解事件，才惊觉阴谋中又有阴谋。

水兒（傅欣瑜）原是大太子之私生女，流落青樓，二太子（梁家輝）欲利用水兒揭大太子醜行以謀皇位。大太子不惜派殺手暗殺水兒，而二太子則命燕十三（莫少聰）、練飛霞（余安安）等護送水兒回宮。兩批人沿途激戰，水兒得武士（董瑋）相救避禍隱居荒村，然二人性格迥異經常引起衝突……

　　两名农夫搭木筏至一孤岛兜售鸡鸭，岛上气氛诡异，两人胆寒之下突遇一群面具人袭击，农夫一死一降，皆被岛上屠夫解体后当做食物分发给饥肠辘辘的岛民。原来此岛辖属大家乡，不知何时岛民开始以人肉为食，保安队负责维持治安与食物配给。
　　密探九九九（徐少强 饰）为追踪江洋大盗劳力士（黄锦燊 饰）与一自称“包铁胆”的蟊贼登岛，击倒岛上屠夫后九九九拜访大家乡保安队长（高雄 饰），队长将其引至屠场，九九九力战群凶后负伤逃脱，在一民女阿莲家调养之后向队长求证，然而一无所获。
　　先前劳力士选择大家乡任保安副队长，以求洗心革面，谁知事与愿违却做起了吃人的勾当，劳力士几次计划向岛外求援却全被破坏，这次向九九九报警仍不被理睬，无奈之下放出被囚的包铁胆，自己反被队长杀死。九九九又一次经历围攻而大难不死，他决定和包铁胆、阿莲姐弟一起逃离食人岛……

清末，太监总管李莲英授意义和团内神打、茅山、术士三坛清除叛徒二舵主雷公（刘家良饰）。神打坛方少卿（惠英红饰）与师叔（刘家辉饰），茅山坛雷勇（刘家荣饰），术士坛铁猴（小侯饰）、铁坛主（朱铁和饰）分头南下广州，寻觅雷公下落。当年雷公掌管云南分舵，因不愿见弟子凭借所谓“神打”功夫抵抗洋人军火徒然丧命，不惜违背朝廷旨意，将义和团云南分舵解散，化名雨伯隐居乡间。三坛之追杀人马皆有争功之心，暗斗不止。雷勇更用无赖（傅声饰）乔装雷公以引出真身。方少卿与铁猴先后为雷公大义感动转变阵营，但三坛坛主仍欲置雷公与死地。

明中叶，东西两厂明争暗斗不断。东厂曹公公手下养了三大高手，分别是孟星魂（梁朝伟饰）、高老大（杨紫琼饰）、叶翔（甄子丹饰）三大高手，亦有小王爷（林志颖饰）帮忙。高老大经营快活林，孟星魂与叶翔皆是其从小养大的结拜弟弟，三人亲如手足。叶翔暗恋大姐，大姐却对孟星魂情有独钟。孟星魂与八卦门掌门之女小蝶（王祖贤饰）是爱侣，小蝶亦已怀有孟之骨肉。四人面对纠缠的感情痛苦不已，而此时孟星魂亦与高大姐接下刺杀孙玉函（徐锦江饰），将西厂李公公控制下的聚贤山庄一网打尽的任务。到底任务能否完成？而四人的感情又将何去何从？

广州提督之子苏灿（周星驰饰）在考取武状元时，被人设计陷害沦为乞丐。因为丐帮四大长老杀了自己的教主，入主朝廷的天理教太乙真人四处迫害丐帮，加上丐帮帮主阵亡令打狗棒法失传，丐帮一时四分五裂群龙无首。在心仪苏灿的如霜（张敏饰）的暗中帮助下，传功长老选中苏灿为丐帮接班人，传以打狗律法要诀。苏灿学艺成功后，成为新任帮主，开始团结各地丐帮会员自强，共同奋力对抗天理教。太乙真人（徐少强饰）欲拥兵自立，预谋在皇帝狩猎之时下手行刺，不料消息走露传到苏灿耳中。