在帕米尔，有一支信仰神秘力量的古老部族，其中正邪两派对峙多年。这一年，邪派头目（狄威 饰）将长老杀死夺权，长老在临死前告知自己的女奴斯娜（朱宝意 饰）继任者将从东方赶来……香港设计师祖（周润发 饰）与女友艾达（蓝洁瑛 饰）来尼泊尔旅游，祖在野外遇险，受伤后返港入院治疗。在医院，祖不时会看到斯娜的幻影。不久，斯娜亦来到香港，并赶到医院将祖的伤治好，而且赋予他特异功能。将斯娜收留在家中的祖瞒着艾达，渐渐与斯娜产生了感情。与此同时，邪派头目来到香港，意欲杀害祖和斯娜。斯娜为了完成前任主人的嘱托，暗示祖前往尼泊尔收服邪派，但先行一步的对手，早已逼近了他们的身边……
方世玉（小侯）因与大清武馆高手（刘家良）结怨，其母苗翠花（李丽丽）为避冲突，暗带方上少林寺，求三德和尚（刘家辉）收其为俗家弟子；方入寺后自恃功夫了得频频闯祸，终被三德逐出。奸人提督（白彪）乘势诱方邀同房九杰离寺，暗图一网打尽；十杰失踪，三德心知有异，遂约苗同往督府对付旗兵……
四大家族之一的金虎堡堡主在一次押镖途中，被四名蒙面和尚劫杀。叶青花被怀疑与此案有关，游侠雷迅助友洗脱嫌疑，竟卷入奇案，三闯少林找出四名和尚，当众伏法，以为真相大白；岂料，四名和尚又到处杀人，雷迅才知道被人利用，引发连场打斗。
舂米六（洪金宝 饰）的叔父惨死于满洲人手下，舂米六发誓要替叔父报仇。在三德和尚（陈星 饰）的带领之下，舂米六进入少林寺修习武艺，很受师傅静尘（黄枫 饰）赏识。舂米六报仇心切，知道自己闯不过木人巷，于是决定偷偷潜出少林寺，形迹败露，面临寺规惩戒，所幸惩戒他的是师兄谢亚福（田俊 饰），很快舂米六就获得了下山的许可。 牛精良（卢海鹏 饰）面恶心善，是染布厂的机房工人，纨绔子弟白安福（冯克安 饰）长着自己身为满洲人的兄长在市内横行霸道为非作歹，奸污了牛精良貌美如花的妹妹，使其含恨自杀。悲愤交加的牛精良决心替妹妹报仇。
张正（周润发 饰）这名美籍华人被任命到中国大陆护送一件宝物运到美国。随后他来到了著名的少林寺等待消息。随和的他马上跟少林寺里一名七岁的小和尚清淳结下友谊之情。毕竟凡夫俗子与出家人的生活习惯存在很大的差异，就连文化差异上也存在很多的分歧。因此有很多事情，让身为客人的张正大感意外与不忿。 后来张正才知道，那宝物是一个拥有特异功能的少女小菁（吴倩莲 饰）。两人共同发现了一个大阴谋，却阻挡不了两人感情的增长。?豆瓣
