1972 年德国慕尼黑夏季奥运会期间，美国体育转播团队必须适应现场直播以色列运动员被恐怖组织扣为人质的情况。

伯恩瓦特（奧古斯特·迪赫AugustDiehl饰）的父亲是希特勒御用的纳粹诗人，发表过一系列的赞颂纳粹精神的诗歌。如今，伯恩瓦特和妻子恩斯林（莉娜·莱西米兹LenaLauzemis饰）正在整理那些未经发表的作品，希望这些作品能够给现在的文学界注入新的力量。在整理作品的过程中，伯恩瓦特和恩斯林的政治立场也在渐渐发生着变化。伯恩瓦特有一个秘密交往多年的情人罗斯（玛利亚-维多利亚·德拉古斯Maria-VictoriaDragus饰），天真的恩斯林以为他们可以组成一个独特的三口之家，却因为嫉妒而常常同丈夫发生口角。之后，恩斯林也成为了安德里亚斯（亚历山大·斐林AlexanderFehling饰）的情人。

故事发生在1929年的德国柏林。埃里希（弗洛里安·大卫·菲茨FlorianDavidFitz饰）是一位小有名气的作家，创作过很多脍炙人口的作品。一天，一个名叫汉斯（尼科·拉莫·克莱曼NicoRamonKleemann饰）的小男孩出现在了埃里希的家门口，他告诉埃里希自己是他的超级粉丝。刚开始，埃里希对于汉斯的存在并没有太过在意，但随着时间的推移，他发现这个脑袋里充满了奇思妙想的男孩能够成为自己创作的灵感来源。在埃里希的推荐之下，汉斯也得到了一个在电影里扮演角色的机会，一来二去之间，一老一少两人结下了深厚的友谊。二战爆发了，纳粹的铁蹄踏破了埃里希和汉斯的宁静生活。

影片背景设置在11世纪的波斯，一位英国人为了学习医术掩盖其天主教徒的身体，加入了伊斯巴罕一所只招收犹太人的医学院。他治随的老师名叫阿维森纳，是历史上著名的犹太科学家、思想家和医生。阿维森纳的著作达200多种，最著名的有《哲学、科学大全》，在当时是高水平的百科全书；另一部巨著是《医典》，直到17世纪西方国家还视为医学经典，至今仍有参考价值。《神医》结合史诗与虚构，展现了在那个被愚昧和迷信统治的世纪里一群人探索真知的无畏精神。

埃尔文·隆美尔是二战中德国最负盛名的将领，也是希特勒最为宠爱的将领。稍对世界军事史有了解的人都会知道他那个著名的绰号——“沙漠之狐”。由于他在北非沙漠战场的一系列惊人战绩（隆美尔率领2个师的军队在北非仅仅用了2个星期就让英军之前2个月的战果丧失殆尽）和德国媒体和盟国媒体的疯狂宣传，他在世时就已成为一个具有传奇色彩的军人和德国人崇拜的偶像。第二次世界大战爆发后，隆美尔作为德国最高统帅部的指挥官之一，受到希特勒的器重。1940年2月，希特勒任命他为第7装甲师师长，并赠给《我的奋斗》一书。5～6月间，在德军闪击西欧的侵略战争中，隆美尔指挥装甲第7师冲在最前面，先克比利时，接着是阿拉斯、索姆，最后直捣法国西海岸，被法国人称之为“魔鬼之师”。1941年2月，希特勒又任命隆美尔为“德国非洲军”军长，前往北非援救一败涂地的意大利军队。他到达北非的黎波里前线后，立即作了一次侦察飞行，得出了“进攻就是最好的防守”的结论。于是他便改变“固守防线”的命令，指挥他的装甲部队冒着沙漠风暴勇猛穿插，全速前进。英军猝不及防，节节败退。德军直逼亚历山大和苏伊士。隆美尔因此名声大振，赢得了“沙漠之狐”的美名，并被晋升为元帅。后来，德军主力被牵制在苏德战场，希特勒不肯抽兵援助北非前线，致使隆美尔不得不停止进攻而在阿莱曼进行防守。1942年11月，隆美尔以其仅有的5万军队和550辆坦克在阿莱曼地区抗击蒙哥马利的19.5万军队和1029辆坦克，终因寡不敌众而惨遭失败。1943年3月，隆美尔奉召回德国大本营。同年7月，调任驻北意大利的陆军“B”集团军群司令。1943年12月至1944年7月，他率陆军“B”集团军群在法国组织防御，指挥抵抗诺曼底登陆战役。随后，德国发生了行刺希特勒未遂事件，隆美尔株连其中。1944年10月14日，由于希特勒派人逼迫，他在一辆小轿车中服毒自尽，而对外宣布的消息，则是“隆美尔陆军元帅在途中中风去世”。

故事发生在第二次世界大战期间，一部分德国军官亦对希特勒（乌多·申克UdoSchenk饰）的残酷暴政感到不满，他们希望能够除掉纳粹党，同盟军和解。然而希特勒生性谨慎多疑，其行踪更是飘忽不定让人捉摸不透，之前的诸次暗杀计划均以失败告终。唯一有希望接近希特勒的，是一位名叫史道芬贝格（赛巴斯汀‧柯赫SebastianKoch饰）的年轻军官，他战功赫赫，深得独裁者的赏识和信赖。和副官赫福特中尉（哈代·克鲁格HardyKrügerJr.饰）一起，史道芬贝格带着装填着炸药的行李箱踏上了充满未知和危险的旅途。炸药虽然成功引爆，史道芬贝格亦顺利逃脱，但遗憾的是，希特勒并未丧命，这次暗杀计划的策划者们将要面对的命运，只有死亡。

故事发生在1958年的西德，乔汉（亚历山大·斐林AlexanderFehling饰）是一名法院公诉人，专门负责处理违反交通安全法案的诉讼案件。一天，在法院里，他偶遇了一位名叫托马斯（安德烈·席曼斯基AndréSzymanski饰）的记者正在大声的控诉一位中学教师，他指认对方在二战期间是奥斯维辛集中营的监视人，如今却逃脱了法律制裁。这一事件的发生引发了乔汉深深的思考，他开始关注起周围的人对于德国曾经的暴行的认知和态度，结果令他震惊。于是，乔汉决定开始着手寻找奥斯维辛集中营的幸存者，并且让他们指认现在仍旧逍遥法外的战犯。随着调查的深入，乔汉震惊的发现，这整件事情牵连的人数之多，就连自己也难逃其咎。