当士兵在战争中失去意识后会被扔进一个试验场，当他们苏醒后发现所有的记忆已经被自动抹去，试验场内存放了很多机器人，曾经温顺的机器正在转变...
讲述了两位纪录片制作人决定调查一位涂鸦艺术家的失踪事件。随着调查的深入，这两位制作人遭遇到了一扇诡异的凭空出现的木门，这扇门引领他们穿梭于不同的空间，同时开启了一段黑暗的噩梦之旅。本来只是调查失踪事件的两人很快便意识到，自己陷进了超乎想象的可怕旋涡之中...
2009年，当麻纱绫（户田惠梨香饰）和濑文焚流（加濑亮饰）相识的前一年。在美国FBI学成归来的当麻被分在警视厅公安部公安第五课未详事件特别对策系，接受组长野野村光太郎的直接领导。此前不久，某大型石油企业高管接连被人杀害，死者的心脏无一例外都留下被人用手捏过的痕迹。显而易见，这一系列事件和所谓的SPEC持有者有着极为密切的联系。与此同时，石油企业高管Diablo（大杉涟饰）高薪聘请神秘SPEC持有者一十一（神木隆之介饰），企图阻挡神秘的SPEC杀手。一十一，这个日后与当麻和濑文有着不解渊源的难缠敌手将当麻视作杀害父母的爆弹女，之后更斩杀了当麻在美国结识的好友Nancy。SPEC宏大篇章自此拉开序幕，决定世界命运的重大事件也进入了倒计时……
尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）重回矩阵：在这里，一个是矩阵创造出来，周而复始的日常世界，另一个则是隐藏其后，真实的人类世界。为了弄清楚自己所处的“现实”究竟是真是假，尼奥不得不再次做出选择……
